Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian No. 43 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan, Balai Besar Veteriner, Tugas pokok dan fungsi BBVet Wates sebagai berikut :

1. Tugas Balai Besar Veteriner Wates Yogyakarta

Balai Besar Veteriner (BBVet) Wates mempunyai tugas melaksanakan pengamatan dan pengidentifikasian diagnose pengujian veteriner dan produks hewan serta pengembangan teknik dan metoda penyidikan dan pengujian veteriner.

2 Fungsi Balai Besar Veteriner Wates Yogyakarta

Dalam melaksanakan tugas Balai Besar Veteriner Wates menyelenggarakan fungsi diantaranya adalah sebagai berikut :

1. Penyusunan Program, Rencana Kerja, dan Anggaran, Pelaksanaan Kerjasama, serta penyiapan Evaluasi dan Pelaporan.
2. Pelaksanaan Penyidikan Penyakit Hewan.
3. Pelaksanaan Penyidikan melalui Pemeriksaan dan Pengujian Produk Hewan.
4. Pelaksanaan Surveilans Penyakit Hewan, dan Produk Hewan.
5. Pemeriksaan Kesehatan Hewan, Semen, Embrio, dan Pelaksanaan Diagnosis Penyakit Hewan.
6. Pembuatan Peta Penyakit Hewan Regional.
7. Pelaksanaan Pelayanaan Laboratorium rujukan dan acuan Diagnosis Penyakit Hewan Menular.
8. Pelaksanaan Pengujian dan Pemberian Laporan dan/atau Sertifikasi Hasil Uji.
9. Pelaksanaan Pengujian Forensik Veteriner.
10. Pelaksanaan Peningkatan kesadaraan masyarakat (public awareness).
11. Pelaksanaan kajian terbatas teknis Veteriner.
12. Pelaksanaan Pengujian Toksikologi dan Keamanan Pangan.
13. Pemberian Bimbingan Teknis Laboratorium Veteriner, Pusat Kesehatan Hewan dan Kesejahteraan Hewan.
14. Pemberian Rekomendasi hasil pemeriksaan dan pengujian veteriner, serata bimbingan teknis penanggulangan penyakit hewan.
15. Pelaksanaan Analisa Resiko penyakit hewan dan keamanan produk hewan di regional.
16. Pemantauan dan Evaluasi pelaksanaan pelayanan kesehatan hewan dan kesehatan masyarakat veteriner.
17. Pengkajian batas minimum Residu Obat/Hormon dan Cemaran Mikroba pada Pangan Asal Hewan.
18. Pemberian pelayanan teknis penyidikan, pengujian veteriner dan produk hewan, serta pengembangan teknis dan metode penyidikan, diagnosis dan pengujian veteriner.
19. Pelaksanaan pengembangan dan diseminasi teknik dan metoda penyidikan, diagnosis dan pengujian veteriner.
20. Pengembangan Sistem dan Diseminasi Informasi Veteriner.
21. Pengumpulan, Pengolahan, dan Analisis Data Pengamatan dan Pengidentifikasian Diagnosis, Pengujian Veteriner dan Produk Hewan.
22. Pengelolaan Urusan Tata Usaha dan Rumah Tangga Balai Besar Veteriner Wates Yogyakarta.