Sejarah BBVet Wates berdiri sejak tahun 1978 hingga saat ini telah mengalami perubahan nama, tugas maupun fungsi. Institusi ini pertama kali berdiri dengan nama Balai Penyidikan Penyakit Hewan (BPPH) Wilayah IV Yogyakarta. Pada tahun 2001 berubah menjadi Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional IV Yogyakarta. Pada tahun 2003 berubah menjadi Balai Besar Veteriner Wates Yogyakarta disingkat BBVet Wates dengan penambahan tugas dan fungsi antara lain Pengembangan Teknik dan Metoda Penyidikan dan Pengujian Veteriner.Sekilas perjalanan sejarah Balai Besar Veteriner Wates Yogyakarta:

A. Balai Penyidikan Penyakit Hewan (BPPH) Wilayah IV Yogyakarta

BPPH Wilayah IV Yogyakarta berdiri pada tahun 1978 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor: 315/kpts/Org/V/1978. Dengan menyadari pentingnya keberadaan suatu laboratorium Diagnostik Penyakit Hewan maka pemerintah Indonesia berencana mendirikan Laboratorium Diagnostik penyakit hewan yang memadai.

Pemerintah Canada melalui Canadian International Development Agency (CIEDA) dengan Badan pelaksana Ontario Ministry of Agriculture and Food (OMAF) memberikan bantuan fisik dan teknis terhadap usaha pemerintah Indonesia untuk mendirikan sebuah laboratorium yang memadai. Untuk kepentingan itu dibuat perjanjian kerjasama yang dituangkan dalam Memorandum of Understanding (MoU) yang ditanda tangani oleh Direktur Jenderal Peternakan Republik Indonesia dan Konsultan Pembangunan dari Kedutaan Canada tanggal 24 Mei 1983. Sebagai realisasi dari bentuk kerjasama ini maka sebuah gedung laboratorium telah selesai dibangun dan dilengkapi dengan peralatan dan bahan laboratorium oleh pemerintah Canada dan mulai ditempati pada tahun 1987. Upacara peresmian penggunaan laboratorium tersebut dihadiri oleh Menteri Pertanian RI Ir. Wardoyo, Duta Besar Canada untuk Indonesia Mr. Whittleton dan pejabat teras OMAF, MR David George pada tanggal 22 November 1988.

Bantuan teknis yang diberikan oleh pemerintah Canada selama periode 1984-1989 berupa Gedung Laboratorium dan tambahan perumahan karyawan, tenaga ahli sebagai referensi dan peralatan laboratorium serta beberapa kendaraan operasional. Sedangkan pemerintah Indonesia menyediakan tanah, perumahan karyawan, asrama, kandang hewan percobaan, gedung administrasi, tempat pelatihan dan dana operasional. Proyek kerjasama ini berakhir pada tahun 1989 dan untuk kesinambungannya kerjasama ini telah diperpanjang dan berakhir pada bulan Maret 1993.

B. Balai penyidikan dan pengujian Veteriner (BPPV) Regional IV Yogyakarta

Sejakan dengan makin meningkatnya beban tugas BPPH dengan wilayah kerja yang cukup luas dan dalam rangka meningkatkan daya guna dan hasil guna pelaksanaan tugas dan fungsi penyidikan penyakit hewan dan pengujian kesehatan produk asal hewan, Pemerintah memandang perlu menyempurnakan Organisasi dan Tata Kerja Balai Penyidikan Penyakit Hewan. Maka Menteri Pertanian mengeluarkan Surat Keputusan Nomor: 457/Kpts/OT/210/8/2001 tanggal 20 Agustus 2001 tentang Organisasi dan tata kerja Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV). Sejak saat itulah maka BPPH Wilayah IV Yogyakarta berubah nama menjadi BPPV Regional IV Yogyakarta.

BPPV mempunyai tugas melaksanakan penyidikan penyakit hewan, pengujian kesehatan hewan dan produk asal hewan dan pengamanan hewan serta produk asal hewan.

C. Balai Besar Veteriner Wates Yogyakarta

Dalam rangka meningkatkan daya guna dan hasil guna pelaksanaan tugas dan fungsi pada Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner Regional IV Yogyakarta. Menteri Pertanaian menerbitkan Surat Keputusan Nomor: 629/Kpts/OT.140/12/2003 tanggal 30 Desember 2003 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Veteriner. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian tersebut, maka Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner Regional IV Yogyakarta berubah menjadi Balai Besar Veteriner Wates yang disingkat BBVet Wates Yogyakarta.

Selanjutnya pada tanggal 24 Mei 2013 Menteri Pertanian mengeluarkan Permentan Nomor 54/permentan/OT.140/05/2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Veteriner, dengan perubahan pada tugas dan penambahan menjadi 22 fungsi.